Училище было организовано в июле 1978 года в исправительно-трудовом учреждении ОВ 94/5 в с. Цолга Мухоршибирского района Бурятской АССР на основании приказа Государственного комитета Совета Министров РСФСР по профессиональному техническому образованию от 07.06.1978 № 716 и на основании приказа Бурятского республиканского управления по профессионально-техническому образованию «Об организации профессионально-технического училища в исправительно-трудовом учреждении Бурятской АССР» от 29 июля 1978г. №110 с контингентом учащихся 280 человек.
Директором городского профессионально-технического училища был назначен Адуев Дмитрий Ользонович, ветеран Великой Отечественной войны. За короткое время была создана учебно-материальная база для подготовки столяров, электриков, электросварщиков, швей, автослесарей, которые были необходимы для работы в цехах учреждения.
С 1985 года по 1993 год и с 2005 по 2015 годы училище возглавлял Андреев Л.Г. – отличник профессионально-технического образования РСФСР.
Старшими мастерами в этот период были: Батомункуев Г.О., Жаргалов Ю.Д., Тугдумов Б.Д., Эрдынеев В.Р.
В 2005 году ГОУ НПО Профессиональное училище № 3 при ВК УИН МЮ РФ по РБ переименовано в ГОУ НПО ФСИН России Профессиональное училище № 258.
Училище является федеральным казенным учреждением.
На основании приказа ФСИН России № 259 от 10 апреля 2008 года «О переименовании и внесении изменений в положение об Управлении Федеральной службы исполнения наказаний по Республике Бурятия, положения и уставы подчиненных ему учреждений» ГОУ НПО Профессиональное училище № 258 было переименовано в федеральное бюджетное образовательное учреждение начального профессионального образования ФСИН России Профессиональное училище № 258.
На основании приказа ФСИН России № 213 от 07 апреля 2011 года «Об изменении типа федеральных бюджетных образовательных учреждений, подчиненных Управлению Федеральной службы исполнения наказаний по Республике Бурятия, и утверждении уставов федеральных казенных образовательных учреждений, подчиненных Управлению Федеральной службы исполнения наказаний по Республике Бурятия» ФБОУ НПО Профессиональное училище № 258 было переименовано в федеральное казенное образовательное учреждение начального профессионального образования ФСИН России Профессиональное училище № 258.
На основании приказа ФСИН России № 770 от 13.12.2013 года ФКОУ НПО Профессиональное училище № 258 переименовано в федеральное казенное профессиональное образовательное учреждение № 258 Федеральной службы исполнения наказаний.
Образовательный процесс ведется в 7 учебных кабинетах и 5 учебных мастерских, оснащенных необходимыми инструментами и оборудованием. Обучающиеся обеспечиваются учебной литературой, необходимыми канцелярскими принадлежностями.